Mejor software VeriFactu para ecommerce y tiendas online (2026)

Si tienes una tienda online, tu relación con la facturación es... complicada. No emites facturas una a una como un consultor - procesas decenas o cientos de pedidos al día, con pasarelas de pago que cobran lo que quieren, marketplaces que tienen sus propias reglas y clientes que solo ves una vez (y luego reclaman una devolución).

Y ahora Hacienda quiere que cada uno de esos pedidos pase por VeriFactu. Cada ticket. Cada factura simplificada. Todo registrado, encadenado criptográficamente y enviado a la AEAT en tiempo real. Suena divertido, ¿no?

Tranquilo. Si eliges bien el software, esto se automatiza y te olvidas. Si eliges mal, te espera un infierno de CSVs y correcciones manuales. Esta guía es para evitar lo segundo.

Ganamos una comisión si contratas a través de nuestros enlaces (están marcados), pero eso no cambia lo que recomendamos. Si Billin a 6,60€ es lo que necesitas, eso es lo que te vamos a decir.

Qué necesita un ecommerce (y en qué se diferencia de un freelance)

Un freelance emite facturas una a una. Un ecommerce necesita automatización masiva. Son mundos diferentes, y el software debe reflejar eso.

Lo que SÍ necesitas:

• Facturación automática - que cada pedido genere su factura (o ticket simplificado) sin intervención manual.
• Integración con tu plataforma - Shopify, WooCommerce, PrestaShop o la que uses. Si tienes que exportar e importar CSVs cada día, no es viable.
• Gestión de IVA intracomunitario - si vendes a otros países de la UE, necesitas manejar distintos tipos de IVA y el sistema OSS.
• Facturas rectificativas automáticas - las devoluciones son habituales en ecommerce. El software debe generar rectificativas correctamente.
• VeriFactu certificado - cada operación debe registrarse y comunicarse a Hacienda.
• Factura completa bajo demanda - cuando un cliente B2B pide factura con su NIF.

Lo que probablemente NO necesitas:

• Presentación de impuestos integrada (tu gestor se encarga).
• CRM avanzado (tu plataforma de ecommerce ya lo tiene).
• Gestión de proyectos o control horario.

Las opciones: qué software VeriFactu encaja con un ecommerce

Opción 1: Holded - el ERP completo para ecommerce

Holdedafiliado es la opción más completa para tiendas online que necesitan un sistema centralizado.

Por qué funciona para ecommerce:

• Integración nativa con Shopify, WooCommerce y PrestaShop - sincroniza pedidos, productos y clientes automáticamente.
• Gestión de inventario - control de stock en tiempo real sincronizado con tu tienda.
• Facturación automática - cada pedido genera su factura sin que toques nada.
• Multi-almacén - si gestionas stock desde varios puntos.
• VeriFactu certificado.

Precio: desde 7,50€/mes (plan básico), pero las integraciones de ecommerce requieren planes superiores (desde 40€/mes).

Ideal para: tiendas online con volumen medio-alto, inventario propio y necesidad de tener todo centralizado (facturación + stock + contabilidad).

Opción 2: Quipu - automatización fiscal para el ecommerce autogestionado

Quipuafiliado no tiene integraciones de ecommerce tan profundas como Holded, pero es la mejor opción si tú mismo gestionas tus impuestos.

Por qué funciona para ecommerce:

• Presentación de modelos fiscales - puedes presentar el 303, 130, 390 directamente desde Quipu. Ningún otro programa español lo ofrece.
• Conciliación bancaria automática - conecta tu banco y Quipu cruza cobros con facturas automáticamente.
• OCR para gastos - escanea albaranes y gastos de proveedores con el móvil.
• API disponible - si tu ecommerce es custom, puedes integrar vía API.
• VeriFactu integrado.

Precio: desde 17€/mes.

Ideal para: autónomos con tienda online que llevan su propia fiscalidad y necesitan un programa que haga de gestor digital.

Opción 3: Billin - la opción económica para bajo volumen

Billinafiliado es el programa más barato con certificación VeriFactu. No tiene integraciones nativas de ecommerce, pero puede funcionar para tiendas con pocas ventas.

Por qué puede funcionar:

• Precio imbatible - desde 6,60€/mes.
• Facturación sencilla y rápida.
• VeriFactu certificado.

Limitaciones para ecommerce:

• Sin integración directa con Shopify, WooCommerce o PrestaShop.
• Sin gestión de inventario.
• Sin facturación automática por pedido.

Ideal para: autónomos con tienda online pequeña (menos de 30 pedidos al mes) que facturan manualmente o con gestor.

Comparativa rápida para ecommerce

Característica	Holded	Quipu	Billin
VeriFactu	Sí	Sí	Sí
Integración Shopify	Sí Nativa	Parcial Vía API	No
Integración WooCommerce	Sí Nativa	Parcial Vía API	No
Facturación automática	Sí	Parcial Parcial	No Manual
Gestión de inventario	Sí	No	No
IVA intracomunitario	Sí	Sí	Parcial Básico
Presentación de impuestos	No	Sí	No
Precio desde	7,50€/mes	17€/mes	6,60€/mes

Caso práctico: tienda en Shopify con 200 pedidos al mes

Imagina que tienes una tienda de productos artesanales en Shopify. Vendes principalmente a particulares (B2C) en España, con algunos pedidos a Portugal y Francia.

Tu flujo ideal con Holded:

1. Un cliente hace un pedido en Shopify.
2. Holded recibe el pedido automáticamente y genera el ticket simplificado.
3. El registro VeriFactu se crea y envía a Hacienda automáticamente.
4. El stock se actualiza en Holded y se sincroniza con Shopify.
5. Si el cliente pide factura con NIF, la generas desde Holded en un clic.
6. Si hay una devolución, Holded genera la factura rectificativa automáticamente.

Sin Holded (o similar):

1. El cliente hace un pedido en Shopify.
2. Tú exportas los pedidos a un Excel.
3. Generas las facturas una a una en tu programa de facturación.
4. Compruebas manualmente que los registros VeriFactu se han enviado.
5. Actualizas el stock a mano.
6. Las devoluciones las gestionas con correcciones manuales.

La diferencia es de horas al día vs. minutos al mes. Si quieres ver los pasos concretos para cumplir con VeriFactu, tenemos una guía paso a paso.

Ecommerce en marketplaces: Amazon, Miravia, etc.

Si vendes en Amazon u otros marketplaces, la facturación tiene matices adicionales:

Amazon

• Amazon no emite facturas por ti en la mayoría de casos. Tú eres responsable de facturar a tus clientes.
• Amazon VAT Services ayuda con el IVA, pero no sustituye a tu programa de facturación ni cumple VeriFactu.
• Necesitas un programa que pueda importar los informes de ventas de Amazon y generar las facturas correspondientes.

Marketplaces en general

• Cada marketplace tiene su formato de exportación de ventas.
• Holdedafiliado y Quipuafiliado permiten importar estas ventas, aunque el proceso puede requerir algo de configuración inicial.

Errores comunes en ecommerce y VeriFactu

"Mi plataforma de ecommerce ya cumple VeriFactu"

No. Shopify, WooCommerce y PrestaShop son plataformas de venta, no programas de facturación certificados VeriFactu. Necesitas un programa de facturación adicional que se integre con tu plataforma.

"Solo vendo a particulares, no necesito facturas"

Necesitas al menos tickets simplificados, y estos también deben cumplir VeriFactu. Cada venta genera un registro que debe enviarse a Hacienda.

"Con pocas ventas al mes no me van a controlar"

VeriFactu es obligatorio independientemente del volumen. La sanción de 50.000 EUR por ejercicio (art. 201 bis LGT) aplica igual para 10 ventas al mes que para 10.000. Puedes financiar el software con el Kit Digital y que te salga gratis.

"Ya lo resolveré cuando llegue la fecha"

Integrar un programa de facturación con tu ecommerce lleva tiempo. La sincronización de productos, clientes e inventario no se hace en un día. Empieza ahora.

Nuestra recomendación

Tu situación	Recomendación
Tienda Shopify/Woo con volumen medio-alto	Holdedafiliado
Autónomo que lleva sus propios impuestos	Quipuafiliado
Tienda pequeña con menos de 30 pedidos/mes	Billinafiliado
Venta en marketplaces (Amazon, Miravia)	Holdedafiliado + gestor especializado

Preguntas frecuentes

¿VeriFactu afecta a las ventas por Amazon o marketplaces?

Sí. Aunque Amazon gestione los cobros, tú sigues siendo el emisor fiscal de la factura. Tu software de facturación debe registrar cada venta bajo VeriFactu, independientemente del canal de venta.

¿Necesito software VeriFactu si ya uso Shopify o WooCommerce?

Sí. Shopify y WooCommerce no son programas de facturación certificados VeriFactu. Necesitas un software adicional (Holded, Quipu o Billin) que se integre con tu tienda y genere las facturas con los requisitos técnicos de VeriFactu.

¿Qué pasa si vendo a clientes de otros países de la UE?

Las ventas intracomunitarias también deben registrarse en tu software VeriFactu. El programa debe gestionar correctamente las operaciones exentas de IVA (inversión del sujeto pasivo) y generar los registros correspondientes para Hacienda.

¿Puedo financiar el software VeriFactu para mi ecommerce con el Kit Digital?

Sí. La categoría de facturación electrónica del Kit Digital cubre hasta 2.000 € en software compatible con VeriFactu. Es la forma más inteligente de adaptarte sin coste durante al menos 12 meses.

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